いも焼酎づくりには、清酒と同じく麹（こうじ）が使われますが、清酒とは異なる種類の麹菌が使われています。麹は、たくさんの酵素を生み出すのですが、この酵素が、原料のデンプンを糖分に変える、糖化を行ってくれます。酵母は、麹の酵素が小さくしてくれた糖分を、アルコールに変えてくれるのです。

焼酎造りに用いられる麹菌（こうじきん）には、黒麹菌、白麹菌、黄麹菌の３つの種類があります。黒麹菌は黒く、白麹菌は白っぽく、黄麹菌はうすい黄緑色のような色をしています。

黄麹菌

黄麹菌は、古くからある日本古来菌で、昔から清酒造りに利用されてきました。もともとは、焼酎も、清酒と同じように黄麹菌が使われていましたが、温暖な気候の鹿児島での焼酎造りでは、クエン酸をほとんど含まない黄麹仕込みでは、もろみが雑菌に負け（汚染され）、腐ってしまうことがしばしば起こりました。

現在でも、焼酎造りに黄麹菌を使うことは、真冬に低温管理するなど、製造技術が問われます。
また、黄麹で仕込む芋焼酎は、華やかな吟醸香が特徴です。

黒麹菌

黄麹を使うと腐敗することが多かったので、沖縄の泡盛で用いられていた黒麹菌を、鹿児島の焼酎造りでも利用するようになりました。黒麹菌は、十分なクエン酸（レモン様のすっぱい酸）により、もろみが守られ、安全に安定して焼酎が造られるようになったのです。
黒麹仕込みの焼酎は、奥深いコク、まろやかさが特徴です。

霧島町蒸留所の黒麹菌の芋焼酎は、こちらです。
「霧島町蒸留所（黒麹）」 「奥霧島」

白麹菌

白麹菌は、黒麹菌の突然変異で生まれました。胞子も白く、クエン酸（レモン様のすっぱい酸）もしっかり出すため、蔵人に重宝されるといわれます。
白麹仕込みの焼酎は、スッキリとしたキレのある風味が特徴とされています。

霧島町蒸留所の白麹菌を使った芋焼酎は、こちらです。
「霧島町蒸留所（白麹）」